在历史的传说中,伏羲氏发明了“九针”,从而创立了针灸之术。但现在通过考古发现证明,最早的针灸是起源于原始社会的砭石。砭石是石器的一种,通常有锐利的尖端或锋面,主要被用来切割痈疡,刺泻瘀血,也可以刺激身体的某些部位,从而达到治病的目的。后世的针刺疗法,也就从此发展起来了。灸法则可能源于热熨之法,即将石头烧热,于皮肤局部加温而减轻病痛,后来原始人又学会了用燃烧的干枯植物茎叶代替石头,原始灸法就产生了。
针灸作为一种治疗手段,早在先秦时代就已相当流行了,据《史记》记载,战国时期的名医扁鹊曾针熨并举治疗虢太子的“尸厥”获得成功,并有“疾在血脉,针石之所及也”之说。在长沙马王堆出土的古医书中,有《足臂十一脉灸经》、《阴阳十一脉灸经》、《脉法》、《阴阳脉死候》等书,江陵张家山汉简也有《脉书》出土,此皆与经络、经脉等针灸基础理论有密切关系。