水晶紫晶的色团与色片
在合成紫晶中，常有一些定向性较好的深紫色片，很容易让人联想到天然紫晶中不规则片状色团的特征。两者最大的区别是合成紫晶中的深紫色色团呈几乎平行的片状排列，大小形态差别不大，且界线明显；而天然紫晶的色团呈不规则状，色调有深浅变化，且界线渐变。若将合成紫晶中的深紫色片比喻成漂浮的“紫布片”，则天然紫晶中的紫色团可看成是漂浮的“紫烟团”。
六边形色带与平行色带
天然紫晶的另一特征是：有像蓝宝石一样的六边形色带。而合成绿色水晶中的色带常常呈平行色带，并沿水晶核壁一层一层平行发展。有一种合成绿水晶项链，黄色和绿色相间出现，很像天然水晶的色带，加之内部有一些褐色半透明固体杂质，极易被人误认为是天然绿水晶，但合成水晶形成的色带是沿水晶核壁平行分布，制成的项链整串晶色带变化一致，每一粒的色带宽窄色变相同，给人一种过分“步调一致”而不自然的感觉。
包裹体和绵的区别
在天然水晶中，常有包裹体和绵，而合成水晶晶莹剔透，个别则有气泡或固体杂质。近来一些合成水晶内常有一些三角形长管状气孔，在这些气孔中有绿色或红色粉状物。这种长管的特点是沿一个方向平行排列，断面为三角形，里面常有不均匀的绿色或红色粉状物沿壁分布，中间往往是空的，长管端头有变尖的趋势。而真正的天然水晶是含阳起石、金红石等矿物的晶体，这些矿物各有其晶形。它们被包在水晶中，无方向性随意排列，粗细长短各异，并常伴有天然水晶所固有的包裹体和绵等。
鉴别水晶常用的方法：
眼看：天然水晶在形成过程中，往往受环境影响总会有一些杂质，对着太阳观察时，可以看到淡淡均匀细小的横纹或柳絮状物质。而假水晶多采用残次的水晶渣、玻璃渣熔炼，经过磨光加工、着色仿杂邙成，没有均匀条纹、柳絮状物质。
舌舔：即使在炎热夏季的三伏天，用舌头舔天然水晶表面，也有冷而凉爽的感觉。假的水晶，则无凉爽的感觉。
光照：天然水晶竖放在太阳光下，无论从哪个角度看它，都能放出美丽的光彩。假的水晶则不能。
硬度：天然水晶硬度大，用碎石在饰品上轻轻划一下，不会留痕迹；若留有条纹，则是假水晶。
用偏光镜检查：在偏光镜下转动360度有四明四暗变化的是天然水晶，没有变化的则是假水晶。
用二色检查：天然紫水晶有二色性，假水晶没有二色性。
用放大镜检查：用十倍放大镜在透射光下检查，能找到气泡的基本上可以定为假水晶。
用头发丝检查：将水晶放在一根头发丝上，人眼透过水晶能看到头发丝双影的，则为天然水晶，主要是因为水晶具有双折射。
用热导仪检测：将热导仪调节到绿色4格测试宝石，天然水晶能上升至黄色二格，而假水晶则不上升，当面积大时上升至黄色一格。