1、 晶洞、晶簇净化法（经典法）：
把水晶放于天然水晶簇上或水晶洞内，就可以达到到相当棒的净化效果。水晶在经过一整天的佩带之后，回家时就将他收纳在晶洞内或晶簇上，其晶洞或晶簇所散发出来的振动能量（持续且稳定），可以有效的清除水晶内的负性能量，并且重新充电，效果可以好到不得了喔。而晶洞跟晶簇是体积越大的效果越强，但也不要在同一个晶洞或晶簇内摆上好几十条的水晶，净化效果会打折扣。
2、日光照射法
把水晶放置于阳光下晒数小时，让大自然最强大的力量帮您的水晶净化。但千万要记住，此方法不适用于紫水晶、黄水晶或粉晶等等的有色宝石，因为这些水晶都内含Fe（铁）、Cu（铜）等其他元素，长时间曝晒会导致氧化或因高温也易改变水晶内之分子结构而退色。
3、低温净化法
水晶是属于高密度的宝石，而且里面通常都会存在冰裂，经过冰柜的零下温度后，水晶会变得异常脆弱，尤其是坠子大部分都有像K金、银饰等等的水晶坠子，因为矿石和金属的延展性不同，可能经过温差的变化造成穿洞结合的部分会松动，另外就是水晶放在冰柜一晚之后，千万不要想说马上戴就直接冲水，如果您马上这样做，水晶会裂。所以，使用此方法一定要让它慢慢的自然解温。放进冰柜之前，先用保险密封袋或保险膜把水晶密封好（防止其它食物的异味沾上水晶），放水晶于冰箱、雪柜内一晚就可以达到净化效果。
4、香熏净化法
将水晶放于香熏炉旁，点燃香熏精油（记得要用存的精油，不能使用添加化学物质的精油）也可以达到净化效果。
5、海盐净化法
将水晶放在盛满海盐水的容器内，透过未经加工过的粗盐（纯天然海盐）所散发出来的海洋净化效果，可以有效的净化水晶，时间多久不限，大部分是一晚后24小时都可以，浸泡后将水晶冲洗干净，放在阳光或阴凉处让它自然风干就可。但这种方法不能适用有其它装饰物的水晶，例如包上K金、银饰的坠子，或有中国结的绳类配件，因为配件会受到侵蚀，改天戴在身上忽然掉下来就惨了。
6、念力净化法
水晶如果通过大师或师父的加持也可以达到净化的效果（如果本身是有在长期修炼的朋友那里就更好了）。如果您本身的水晶是亲手交给大师净化加持那可就是相当的福气。自己在有空的时候拿着自己心爱的水晶念念大悲咒或心经，其效果真的是好得不得了，不管是水晶的平衡能量或自己的修为都是最上选，并且有个相当好的好处是，其水晶的频率和自身的频率完全归纳统一喔。
7、溪水净化法
把水晶带到没有污染的溪流清洗，水晶可受大自然的正能量净化。但一定要在溪流中用流动的溪水净化，不可把溪水带回家中清洗水晶喔，那就没有意义了。
8、活水清洗法
打开自己家的水龙头（用净水器的效果比较好），将水晶放在小盘子内，冲洗自己的水晶约十分钟，冲洗后一样放在阳光或阴凉处自然风干，这样也有净化效果。
9、大地掩埋法
大地掩埋法是力量强大的方法之一，例如家里有生病的人佩带过的水晶，建议使用大地掩埋法，毕竟水晶是从从大地孕育而生的，让水晶回到原来的地方其净化效果是最好的，但是千万记得要未受污染的土地才行，时间有限，建议超过一个月的时间会比较好一点。此种方法有风险，就是可能自己忘记埋在哪里而找不到，或者跟别人结缘去了，那就心疼了。
10、庙宇过香法
去庙宇的时候，将水晶带到庙宇里净化，建议是人气鼎盛的大庙或者知道自己的主神其供奉的庙宇最好。水晶可以在其中感受法力加持，烟香渺渺，并且充满好的善意及意念，整个空间亦充满着正面积极向善的磁场。其方法是在拜拜的同时，将水晶跟香同拿于手中，说出自己的祈福愿望，并且记得说出让自己手上的水晶可以得到神明的加持及庇佑，在拜完之后，在神明的香炉上面，左三圈，右三圈，然后双掌合并将水晶置于掌中，诚心的感谢神明的保护及加持，整个净化的过程就算完毕。此种方法统一适用于家里所祭拜的神明，也有同样的效果。
11、教堂祈福法
因为宗教的不同，也可以使用不同的净化方法。原则上只要是您诚心信仰的宗教，基本上都有其净化帮助的的效果。天主教和基督教的朋友，可以将水晶带往教堂，让神及主的强大念力帮您净化及祈福，如果可以的话舀点神水冲洗自己的水晶也是相当棒的净化力量，另外如做礼拜时的福音歌颂或者祈祷，也有同样的功用。
12、音乐净化法
如果可以的话，将水晶放在充满平和及正面的音乐空间里，因为音乐跟颜色一样，都会带来不同的磁场及频率，建议如佛教音乐，西方教义的福音歌颂，大自然的水晶音乐等等，都可以让水晶得到充电及净化的效果。
不管是哪种净化方法，在您戴上水晶的那一刻，就必须完全信赖您的水晶，常常跟他讲话，并且信任他，水晶就会释放出比平常还有强大的力量来帮助你。因为本身在加强信念的同时，身体会自动释放出比平常更强大的静电及能量，水晶在感受您的磁场后会启动比平常更大的能量来回馈在您的身上，让您心想事成。